故事是这样的：怪盗鲁邦三世盯上了某国秘宝“女王之泪”，而柯南所在的小五郎侦探事务所接到委托，王国公主前来求助。此外，绿川光、堀江由衣等配角也各自撑起了关键笑点和反转。叙事节奏像过山车——前一秒鲁邦还在耍帅偷宝石，下一秒柯南就掏出麻醉针追查真相，两边人马碰面时互相吐槽的台词特别有梗。柯南的严谨推理遇上鲁邦的随性大盗，节奏一快一慢，反倒碰撞出许多即兴幽默——比如柯南追着鲁邦满楼跑，最后却被次元大介一句“小鬼体力不错”轻巧带过。两条线索在钟楼相撞，鲁邦的怪盗团与少年侦探团、FBI等各方势力纠缠在一起，真真假假的身份和计谋层层叠加。导演刻意保留了原作动画的夸张表演与特写镜头（如次元大介掏枪时的慢镜），同时又借鉴了柯南系列标志性的线索闪回手法，让怪盗基德的身份误导与灰原哀的化学分析在同一个场景里互为镜像。

君主制国家威斯帕尼亚王国因发现奇妙的矿石而引起世界关注，然而此时却发生悲惨事件，该国女王萨克拉?阿尔蒂亚和王子吉尔?加乌尔突发意外身亡。公主米拉?朱丽叶拒绝继承王位，与此同时国内也掀起反对米拉合要求取消君主制的狂潮。在这种纷乱的情况下，米拉和奇斯伯爵出访日本。在公主的欢迎宴会上，米兰险遭暗算，无法忍受这一切的她偷偷逃了出去，却在日本街头遭遇与自己长相一样的小兰，渴望正常人生活的米拉于是和小兰互换了身份。倍感蹊跷的柯南偷偷展开调查，而另一方面，大盗鲁邦三世潜入威斯帕尼亚企图偷窃该国世代相传的钻石王冠。事态变得混乱起来…… 　　本片为日本电视台开播55周年和读卖电视台开播50周年共同纪念作品。